Het Praediniusfonds bestaat sinds 1974. Aanvankelijk financieerde het fonds leerlingverenigingen, de schoolbibliotheek, sport en projecten. Daarnaast beheerde het fonds een noodpot voor het behoud van het zelfstandige Gymnasium.
Het karakter van het fonds is in de loop der tijd veranderd tot een zelfstandige organisatie die bijdraagt aan de bloei van het Praedinius Gymnasium en haar steunt in haar taak kwalitatief hoogstaand onderwijs en plezierige ontspanning in schoolverband te bieden.